拜仁慕尼黑足球俱乐部注册协会（德语：Fußball-Club Bayern München eingetragener Verein）简称拜仁慕尼黑或拜仁，是一家设于德国巴伐利亚州（拜仁州）首府慕尼黑的体育俱乐部。其最为人所熟知的下属部门是参加德国足球甲级联赛，即是德国足球联赛系统的顶级赛事的职业足球队，这也是德国足球史上最成功的俱乐部，赢得超过30次德甲冠军及20次德国杯冠军。

拜仁慕尼黑最早由弗朗茨·约翰率领11名足球运动员在1900年创立。尽管曾在1932年赢得首次德国足球冠军，但俱乐部却并非德国足球甲级联赛于1963年成立之初的创始成员。其最强大的时期是1970年代中期，在弗朗茨·贝肯鲍尔的带领下，曾连续3次（1974年-1976年）夺得欧洲冠军杯。整体而言，拜仁慕尼黑已11次进入欧洲冠军联赛及其前身欧洲冠军杯的决赛，最近一次是在2020年，并夺得俱乐部历史上的第六座欧洲冠军奖杯。此外，拜仁慕尼黑也曾获得过欧洲联盟杯、欧洲优胜者杯、世俱杯和2次洲际杯冠军，使其成为欧洲最为成功的足球俱乐部之一。

自2005-06赛季初期以来，拜仁慕尼黑离开原已使用了33年的慕尼黑奥林匹克体育场，迁入新的主场慕尼黑安联球场。球队的主色调为红色及白色，队徽核心的蓝白格子则源自巴伐利亚州旗的颜色及样式。以收入计算，拜仁慕尼黑是德国最大的体育俱乐部和全球第五大足球俱乐部，其于2023-24赛季创造的总收入为7.645亿欧元。拜仁慕尼黑还是一家采取会员制的俱乐部，截至2023年共有约300,000名付费会员。此外在经俱乐部官方认证的逾4,557个球迷组织中也有超过362,446名成员。俱乐部除足球外亦设其它部门，在诸如国际象棋、手球、篮球、体操、保龄球、乒乓球、和大龄足球等项目中有1,100多位活跃会员。

截至2024-25赛季末，拜仁慕尼黑在欧洲足联积分排名中位列第三。

拜仁慕尼黑在成立之前曾是慕尼黑男子体操俱乐部的足球部门。1900年2月27日，该俱乐部召开全体会议否决了足球部希望加入德国足球协会的请求，足球部的11名球员随即退出会议，并于当晚在弗朗茨·约翰的带领下创立了拜仁慕尼黑足球俱乐部。在短短的几个月内，拜仁便以大比分战胜了所有本地竞争对手，一举杀入了1900-01赛季的南德足球锦标赛半决赛。在接下来的几年中，拜仁获得了多个当地联赛的冠军奖杯，并在1910-11赛季加入了新成立的县级联赛（德语：Kreisliga），这也是巴伐利亚州的首个区域性联赛。拜仁获得了联赛创办初年的冠军，但却无法再度夺冠，直至1914年第一次世界大战开始后，德国停止了所有足球活动。

一战结束后的几年中，拜仁慕尼黑获得了几个区域性的赛事冠军。1926年，球队夺得了历史上第一个南德冠军，两年后，他们再次复制了这一成就。1932年，拜仁首次在国家级赛事中登顶，当时的教练理查德·科恩率队以2:0击败法兰克福而获得了德国足球冠军。

随着纳粹主义在1930年代的抬头，使得拜仁慕尼黑的发展戛然而止。俱乐部主席及主教练因为犹太人的身份而被迫离开德国，队内的许多球员也遭到清除。拜仁被嘲讽为“犹太人的俱乐部”，其半职业化的模式也遭到制裁，球员不得不再次成为全业余运动员。在接下来的几年中，拜仁已无法继续参与全国冠军的竞争，在当地联赛中也仅仅排名中游。

第二次世界大战结束后，德国的顶级联赛被分为5个区域进行，拜仁成为其中南部高级联赛中的一员。战后的新开端非常困难，拜仁从1945年至1963年共聘用和解雇了13位主教练，但球队的成绩始终未见起色。1954-55赛季，拜仁不幸降级，但仅仅在一个赛季以后，球队便重返南部高级联赛，并且获得了球队历史上的第一次德国杯冠军，在决赛中，他们以1:0击败了杜塞尔多夫。1950年代末，拜仁陷入严重的财政危机，濒临破产。来自诺伊斯的企业家、同时也是拜仁的狂热球迷罗兰·恩德勒（Roland Endler）在此时出手相助，为俱乐部注入了必要的资金，作为回报，恩德勒也获得了4年的俱乐部掌控权。1963年，德国的5个高级联赛被整合为一个全新的德国足球甲级联赛（德甲），其中南部高级联赛将会有5支球队入围。拜仁在那一年获得南部第3，冠军则被另一支来自慕尼黑的球队慕尼黑1860所夺得。1963年5月11日，德国足协通知拜仁，他们无法获得新赛季德甲的参赛资格，因为足协不希望同一座城市出现两支德甲俱乐部。拜仁就此错过了成为德甲创始成员的机会，他们是在两年后才依靠由年轻的天才球员弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒以及塞普·迈耶组成的中轴阵容于1965年成功晋级德甲。

拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，同时赢得了德国杯冠军，这也使他们有资格参加1966-67赛季的欧洲优胜者杯。在这届优胜者杯决赛中，拜仁更是凭借弗朗茨·罗特在加时赛第18分钟的进球以1:0战胜格拉斯哥流浪者，赢得俱乐部历史上的首个欧洲赛事冠军。同年拜仁也成功卫冕德国杯冠军，但在联赛仅获第六，整体进步缓慢。于是在1968年，拜仁迎来了南斯拉夫籍主帅布兰科·泽贝茨，他用立足于防守的战术思想取代了球队此前的进攻型打法，并借此率队在1969年实现了德甲历史上的首个联赛及杯赛双冠王。而他在整个赛季一共只使用了13名球员。

1970年3月13日，乌多·拉特克接替泽贝茨成为拜仁主帅。在他执教的第一个赛季，拜仁就捧起了当年的德国杯。接下来的1971-72赛季，拉特克率球队赢得了历史上第三次德国足球冠军。1972年6月28日，在该季最后一轮对阵沙尔克04的比赛成为新落成的慕尼黑奥林匹克体育场举办的第一场正式比赛，也是德甲历史上首次进行电视直播的比赛。拜仁在比赛中以5:1大胜沙尔克04，夺得德甲冠军之余，还刷新了联赛的最高积分及最多进球等纪录。接下来的两个赛季，拜仁实现了德甲冠军“帽子戏法”，但达到巅峰的胜利是在1974年欧洲冠军杯决赛，拜仁在重赛中以4:0横扫马德里竞技，首度加冕欧洲冠军杯冠军。球队在随后几年于国内联赛中并不顺利，却在欧冠赛场上捍卫了自己的欧洲冠军地位。1975年的欧冠决赛中，拜仁凭借弗朗茨·罗特和盖德·穆勒在比赛末段的两粒进球战胜了利兹联，但乌利·赫内斯在决赛中受了重伤被迫退场，原先以速度见长的他再也没能找回原本的状态。但由于对方球员彼得·洛里默的一个进球被判无效，利兹联的球迷非常不满，赛场内发生了骚乱。利兹联也因此在欧洲赛场上被禁赛3年。一年后在格拉斯哥举行的欧冠决赛中，拜仁再次凭借罗特的进球以1:0击败圣艾蒂安，成为第三支获得欧洲冠军杯三连冠的球队。在同年稍后举行的洲际杯中，拜仁又在两回合制的比赛中战胜巴西俱乐部克鲁塞罗，赢得最终的冠军。这一时期的剩余时间成为改革时间，拜仁没有再获得任何的锦标。1977年，贝肯鲍尔加盟纽约宇宙、罗特在1978年转战奥地利和德国低组别联赛、迈耶及刚满27岁的赫内斯则在1979年退役，盖德·穆勒也在同年转投了劳德代尔堡前锋（英语：Fort Lauderdale Strikers (1977–83)）。

1980年代，拜仁在球场外经历了一段动荡时期，其人事及财务状况均发生了许多变化。在球场内，被球迷昵称为“布莱尼格（Breitnigge）”组合的当家球星保罗·布莱特纳和卡尔-海因茨·鲁梅尼格带领球队在1980年和1981年夺得德国足球冠军。在此后的两个赛季拜仁却仅收获了1982年的德国杯冠军。1983年，布莱特纳宣布退役，前主教练乌多·拉特克则再度重返球队。1984年，拜仁再获德国杯冠军，并且在6年中5次夺得各项赛事锦标，包括了1985-86赛季的双冠王。但在这10年中，拜仁在欧洲赛场上并没有赢下任何实质的奖项，只是在1982年和1987年获得了欧洲冠军杯的亚军，分别输给英国的阿斯顿维拉和葡萄牙的波尔图。

1987年，尤普·海因克斯成为了拜仁的主教练。在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑。在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁排名第10，仅仅领先降级区5分。1993-94赛季，拜仁慕尼黑在欧洲联盟杯第二轮即遭英超球队诺里奇城淘汰，后者就此成为唯一一支能在慕尼黑奥林匹克体育场击败拜仁的英国球队。该赛季后半段，贝肯鲍尔回到拜仁接过帅鞭并获得成功，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。贝肯鲍尔还同时被任命为俱乐部主席。

在此之后，继任主教练的吉奥瓦尼·特拉帕托尼和奥托·雷哈格尔均没有达到俱乐部的高期望值，只是分别在拜仁度过了一个碌碌无为的赛季。由于当时的拜仁球员通常登上八卦新闻版面而非体育新闻版，拜仁也因此被戏称为“绿茵好莱坞”（FC Hollywood）。在1995-96赛季接近结束时，贝肯鲍尔又作为代理主教练暂时掌管了拜仁，随即率队夺得了欧洲联盟杯，他们在决赛中击败了波尔多。1996-97赛季，特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘。但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升班马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也不得不再次离开了俱乐部。

在执教多特蒙德大获成功后，奥特马·希斯菲尔德于1998年至2004年间成为拜仁的主教练。在他入主的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在决赛中全场领先的情况下被曼彻斯特联于伤停补时阶段的两粒进球所击败。1999-00赛季，拜仁获得了历史上第三个双冠王。随后在2000-01赛季，拜仁直到联赛最后一轮的最后一分钟才锁定自己的连续第三个德甲冠军；几天后，拜仁又在欧洲冠军联赛决赛上依靠点球击败了巴伦西亚，时隔25年之后重新捧起欧洲冠军奖杯，可惜在德国杯第二轮早早输给了低组别联赛的黑马马德堡。2001-02赛季初，拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。2002-03赛季，拜仁获得了球队历史上的第四个双冠王，领先第二名26分的成绩也创造了德甲联赛的历史。希斯菲尔德的统治期在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，甚至在德国杯赛上也负于德乙球队亚琛而止步不前。

球队教鞭改由菲利克斯·马加特接掌，他带领拜仁连续获得了两次联赛杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原奥林匹克体育场搬迁至了新的安联球场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860共同使用。拜仁在2006-07赛季的表现较为飘忽，除联赛表现不佳外，杯赛上也再次输给了亚琛，菲利克斯·马加特于是在冬歇期过后不久即遭解职。

希斯菲尔德于2007年1月重返球队，但拜仁在该赛季最终仅获得了第四名的成绩，十年来首次无缘欧冠比赛。而德国足协杯和联赛杯的双重失利则让球队在该赛季一无所获。

在2007-08赛季开始前，拜仁对球队的阵容进行了大刀阔斧的改造和重建。球队一共签下了8名球员并且出售、解雇或者租借了9名球员。其中，最重要的引援是三位在前一年世界杯上大放异彩的球员：从佛罗伦萨引进卢卡·托尼、从云达不来梅引进米罗斯拉夫·克洛泽以及从马赛引进了弗兰克·里贝里。新的引援成功奏效，他们再次获得了2008年的双冠王，并从联赛开始起就一直占据榜首位置直至赛季结束。

这一赛季结束后，为拜仁镇守多年的守门员奥利弗·卡恩正式退役，这使得俱乐部在未来几年内都缺乏一名顶级门将。希斯费尔德也宣告退役，尤尔根·克林斯曼成为他的继任者，与拜仁签订了一份为期两年的合约。然而，克林斯曼甚至未能熬过首个赛季，这是源于拜仁在2008-09赛季首先迎来了一个糟糕的开局，先是在德国超级杯以1:2不敌多特蒙德，又在前6轮联赛中只胜2场，继而在德国杯八强被勒沃库森淘汰。欧洲冠军联赛中，拜仁也在总比分12:1击败了葡萄牙体育并创造了欧冠淘汰赛阶段最悬殊比分记录后，被巴塞罗那以5:1淘汰出局。2009年4月27日，在拜仁主场败给沙尔克04并滑落至联赛第3后的第三天，克林斯曼被解雇，前主教练尤普·海因克斯以代理主教练的身份执教球队直到赛季结束。球队最终获得了联赛第二名，顺利晋级下一赛季的欧洲冠军联赛。

2009-10赛季，拜仁聘请了带领阿尔克马尔飞跃性进步的荷兰籍主帅路易斯·范加尔，而因皇马大换血被放弃的荷兰前锋阿尔扬·罗本也加盟阵中。在接下来的十年里，罗本和里贝里共同塑造了拜仁的两翼齐飞的边路进攻风格。媒体迅速将这对组合昵称为“罗贝里（Robbery，意为抢劫）”。此外，大卫·阿拉巴及托马斯·穆勒也晋身一线队。随着穆勒的到来，范加尔甚至宣布“只要我在，穆勒将会一直上场”，这句话在此后几年里已成为一条被广泛引用的短语。在球场上，拜仁度过了自2001年以来最成功的一个赛季，确保本土双冠。然而在2010年欧洲冠军联赛决赛中，拜仁以0:2不敌国际米兰，未能实现德国球队的首次三冠王伟业。尽管在2009-10赛季取得成功，但范加尔还是于2011年4月遭到解雇，因为拜仁在下个赛季德甲联赛中落后，并在欧洲冠军联赛淘汰赛首轮因客场进球劣势而再次被国际米兰淘汰出局。范加尔的助手安德里斯·永克尔临时接管球队直至赛季结束，并取得联赛第三。

2011-12赛季，拜仁再度请回了海因克斯担任主教练。尽管俱乐部签下曼努埃尔·诺伊尔，解决了卡恩的合适替代者问题，但球队却重蹈2002年勒沃库森的“三亚王”悲剧，连续第二个赛季颗粒无收。在国内，无论是联赛或杯赛均不敌多特蒙德屈居第二；而作为欧冠改制后第一支在主场参加决赛的球队，拜仁也在点球大战中败给切尔西（3:4），成就了英格兰球队在安联球场的首胜。

2012-13赛季，拜仁先是在德国超级杯中以2:1战胜多特蒙德，其后拜仁在客场以5:0战胜杜塞尔多夫后，成为了德甲历史上首支取得开赛8连胜的球队。2013年4月6日，拜仁又在联赛还剩6轮的情况下提前夺冠，成为德甲历史上最早产生的冠军。拜仁在该赛季创造了多项德甲新纪录，包括单季最高积分（91分）、单季最高分差（25分）、单季最多胜场（29场）、单季最高净胜球差（+80）和单季最少失球（18球）等。2013年5月25日，拜仁在四年内第三次进入欧洲冠军联赛决赛，并在温布利球场以2:1战胜同国对手多特蒙德，第5次赢得欧洲冠军奖杯。随后在6月1日举行的2012-13赛季德国杯决赛中，他们又以3:2战胜斯图加特，成为德国首支加冕三冠王的球队。

前巴塞罗那主教练何塞普·瓜迪奥拉于2013-14赛季开始接掌拜仁成为主教练，但他率队却在新赛季的首场正式比赛、2013年德国超级杯中以2比4不敌多特蒙德。而在此前，拜仁还激活了马里奥·格策在多特蒙德的3,700万欧元最低解约条款，从而以创德国球员最高纪录的身价将其签入。2013年8月30日，拜仁在布拉格伊甸竞技场通过点球大战以5比4战胜切尔西，历史上首次夺得欧洲超级杯。2013年11月9日，拜仁在当季联赛第12轮主场以3比0战胜奥格斯堡后，以连续37场不败的成绩打破了由汉堡在30年前创造的连续36场联赛不败纪录。2013年12月21日，拜仁在摩洛哥举办的2013年俱乐部世界杯决赛比赛中以2比0战胜拉贾卡萨布兰卡后，实现德国球队的首次五冠王伟业 。2014年3月25日，拜仁在柏林奥林匹克体育场以3比1战胜柏林赫塔后赢得了它们的第23个德甲锦标。此时距离赛季结束尚余7场比赛，开季27场尚未吞败的拜仁再次打破了上赛季所创的纪录，成为德甲历史上最早产生的应届冠军，然而随后三场遭遇了一和两败且狂失七球的乱流，包含输给了德甲第二的多特蒙德，使得拜仁无法打破上季的各项记录（积分90、分差19、净胜球差+71、失球23、败场2，仅有追平29胜的纪录）。2014年5月17日，拜仁又在2014年德国杯决赛（英语：2014 DFB-Pokal Final）中以2比0击败多特蒙德，赢得了俱乐部历史上的第十个联赛及杯赛双冠王。但时任俱乐部主席乌利·赫内斯于2014年3月13日被判逃税，并处以三年半的监禁。他于翌日辞职。原副主席卡尔·霍普夫纳于5月2日当选新任主席。

在2014-15赛季开始前，拜仁签入了刚与多特蒙德合同期满的罗伯特·莱万多夫斯基，并从皇家马德里签下老将哈维·阿隆索。但同时，拜仁也无法阻止世界杯上表现杰出的托尼·克罗斯转投皇马。隔年，俱乐部的旗帜人物巴斯蒂安·施魏因斯泰格和克劳迪奥·皮萨罗则于2015-16赛季前离开。在这两个赛季中，拜仁均能卫冕自己的联赛冠军，包括在2015-16赛季以17球打破德甲单季最低掉球记录并同时获得双冠王，但连三季欧冠联赛止步半决赛导致了俱乐部上下的失望，因为他们的期望是瓜迪奥拉能够带领俱乐部夺得第六座欧冠奖杯。尽管拜仁的领导层试图挽留瓜迪奥拉，但这位西班牙主帅决定不再续签他的三年合同。

随着瓜迪奥拉转而执掌英超俱乐部曼城，其原职位被意大利人卡洛·安切洛蒂取代。2016-17赛季的重要转会是来自多特蒙德的马茨·胡梅尔斯。在场外，乌利·霍内斯已从狱中获释，并于2016年11月再度当选主席。安切洛蒂率领拜仁完成德甲联赛五连冠，但没有赢得杯赛或欧冠冠军：在德国杯半决赛2比3输给了多特蒙德；而欧冠八强赛对阵皇马时，虽在主场1比2落败，但在客场比赛时原先占尽优势，却被多次的误判影响：首先C罗靠着一次明显越位的进球逼入加时赛、而即将进入加时赛前，比达尔又因为从后方对阿森西奥的一次铲球被吹判红牌，但重播显示实际上比达尔是先碰到球的（虽然他在铲球完后没有立刻收脚而绊倒了应该能重新要回球权的阿森西奥，光凭这点他也很可能会领到本场第二张黄牌）、莱万多夫斯基有一次单刀的机会被吹判越位，但实际上马塞洛比他还靠近皇马球门、卡赛米罗整场多次严重犯规却只有领到一张黄牌等等，几次严重的误判导致体力耗尽且少一人的拜仁在加时赛被连进三球（实际上就连加时赛的三球中也有一球是明显越位），以3比6落败。

2017年7月，拜仁宣布将独自使用安联竞技场，因为同城俱乐部慕尼黑1860因经济问题遭到德国足协降级至第四级联赛，将和拜仁的二队共用较小型的绿森林体育场。在2017-18赛季开始前，拜仁进行了大规模换血，相继签入金斯利·科曼、科朗坦·托利索、塞尔吉·格纳布里和尼克拉斯·聚勒等年轻球员，并从皇家马德里借入哈梅斯·罗德里格斯。与此同时，球队队长菲利普·拉姆和哈维·阿隆索退役，其它几名球员也离开了俱乐部。赛季开局阶段在欧冠德甲两头成绩皆不佳且失去球员支持的氛围下，安切洛蒂遭到解雇。在威利·萨尼奥尔短暂接过主帅一职过渡后，由功勋名帅尤普·海因克斯再度出任拜仁主帅完成赛季剩余比赛。海因克斯也不负众望完美达成了这次的救火任务，他在第7轮结束上任时拜仁还落后榜首多特蒙德5分，且主力门将诺伊尔预计会因伤错过整个赛季的情况下迅速带领球队进入状况，仅用了一个月就回到榜首并一路拉开差距，最后27场比赛豪取23胜的拜仁在还剩下6轮的时候就毫无压力的再次获得联赛冠军，该季德甲第二名的沙尔克04整季也才只拿了63分，还输给海因克斯27场任内的70分不少。欧冠赛场上，拜仁在主场对阵直接导致安切洛蒂被开除的巴黎圣日耳曼的小组赛中完成复仇而确保了十六强席次，仅因得失分差居小组第二，并在签运不错的情况下连续轻松击败贝锡克塔斯和塞维利亚两支队伍，半决赛上遇到了海因克斯的老东家、以及前一年在满满争议下击倒拜仁的皇马，主场先以1比2输球，在客场因本季的主力门将乌尔赖希一次失误送礼而错失加时赛的机会，以3比4输球而止步四强；而在同年的德国足协杯决赛，即海因克斯作为主教练的最后一场比赛中，他在球场上与自己的继任者相遇。最终尼科·科瓦奇率领的和睦法兰克福以3比1击败拜仁。在赛季期间，拜仁不断在公开场合敦促海因克斯续约，但这位73岁的老帅坚持将在赛季结束后退休。俱乐部开始了漫长的广泛搜索，以寻求合适的继任者，最终前拜仁球员科瓦奇被选定为候任主帅，并签署了一份为期三年的合同。

尼科·科瓦奇在拜仁的第一个赛季进展缓慢，球队在超级杯中5比0大胜科瓦奇的老东家法兰克福，但整个德甲赛季的前半段都落后于多特蒙德。但与上任超过一年的范加尔和安切洛蒂的类似境遇相反，俱乐部高层这次决定保护他们上任未满一年的主教练免受批评。在冬歇期后，拜仁表现回稳迅速缩小差距，在第28轮的国家德比上5-0血洗多特蒙德后正式回归榜首，虽然之后又因多次和局而迟迟无法拉开差距，但还是以2分的微小差距有惊无险的完成德甲的七连霸。在欧冠联赛中，球队虽然能在一个没有其他五大联赛球队的小组以第一晋级，但于首轮淘汰赛便遭最终夺冠的利物浦淘汰，这是自2011年以来拜仁首次无法进入八强；而在德国足协杯，拜仁从开赛起每轮都以一球险胜，直到决赛以3-0痛击德甲新锐球队莱比锡红牛，完成了双冠王，虽说整体表现不如去年，但多获得了一项奖杯，科瓦奇算是不过不失的完成了本赛季。在赛季期间，两大功勋名将罗本及里贝里先后宣布这将是他们在俱乐部的最后一个赛季，在最后一场德甲比赛中，两人在安排下以替补登场接受安联满场主场球迷的欢呼并双双进球而确保了两人合作十年来的第八个德甲冠军，季末罗本退休、而里贝里转投意甲。2019年1月，拜仁宣布前一年世界杯上一鸣惊人的法国后卫帕瓦尔将会由斯图加特转队加入；随后，拜仁在3月宣布他们已经从马德里竞技签下另一名来自法国的后卫卢卡斯·埃尔南德斯，并为此斥资创德甲纪录的8000万欧元转会费，两人均会在下季开始时加入。

汉西·弗利克于2019年7月1日以助理教练的身份加入拜仁慕尼黑。在科瓦奇治下，拜仁在2019-20赛季中的开局同样缓慢，当以1比5惨败于和睦法兰克福之后，科瓦奇与拜仁于2019年11月3日分道扬镳，弗利克获提拔为代理主教练。在经历了一段令人满意的临时主帅生涯后，拜仁于2019年12月22日宣布弗利克将继续担任主教练。在弗利克治下，球队赢得联赛冠军，踢出了德甲历史上最成功的单季下半程，除一场平局之外，他们赢下了所有比赛。拜仁还赢得了德国足协杯冠军，完成俱乐部的第13次国内双冠王。在欧冠联赛中，拜仁自2013年以来首度进军决赛，其间在四分之一决赛中曾以8比2大胜巴塞罗那。由于受新冠病毒疫情影响，拜仁只能在里斯本举行的闭门决赛中以1比0战胜巴黎圣日耳曼，并由前巴黎球员金斯利·科曼射入全场唯一进球。他们因此成为继巴塞罗那之后第二支在两个不同赛季完成三冠王的欧洲俱乐部。

2020-21赛季伊始，拜仁历史上第二度赢得欧洲超级杯。他们还在2020年俱乐部世界杯决赛以1比0战胜墨西哥的新莱昂自治大学老虎后夺得冠军，成为继2009年的巴塞罗那之后，第二支获得六冠王（英语：Sextuple (association football)）的球队。拜仁还连续第九次赢得德甲冠军。本赛季，莱万多夫斯基在29场比赛中射入41球，打破盖德·穆勒此前保持了四十九年的德甲单季进球纪录。弗利克于2020-21赛季结束后离开，执教德国国家队，在弗里克的要求下，时任RB莱比锡主帅的尤利安·纳格尔斯曼接替了他的职位。据多家媒体报道，拜仁为此向莱比锡支付了2500万欧元作为纳格尔斯曼的补偿金，创下了挖角主教练金额的世界纪录。

在纳格尔斯曼治下，拜仁顺利赢得德甲第10连冠。但他于2023年3月遭拜仁解雇，由托马斯·图赫尔取而代之。在与多特蒙德的激烈冠军争夺战中惊险获胜后，图赫尔带领俱乐部创纪录地连续第11次夺冠。2023年8月，拜仁再次打破德国转会纪录，从托特纳姆热刺签下了时任英格兰队长、历史最佳射手哈里·凯恩，转会费据报高达1.1亿欧元。2024年2月，拜仁与图赫尔在赛季结束后宣布结束合作。2023-24赛季德甲是拜仁近十年来首个没有赢得冠军的赛季，他们在竞争中输给了勒沃库森。

2024年5月29日，樊尚·孔帕尼获任命为拜仁新任主教练，并签订了一份为期三年的合同。他们以3比2战胜沃尔夫斯堡，开启了2024-25赛季德甲的征程。2025年5月5日，随着竞争对手勒沃库森在客场与弗赖堡以2比2战平，拜仁得以提前两轮夺冠，加冕他们的第34次德国足球冠军。

德国杯方面，拜仁在十六强主场被勒沃库森1球淘汰，诺伊尔也因冒失出击吞下生涯首红。

可惜球队在欧冠表现并不亮眼，瑞士轮阶段虽抽中上上签，但拜仁毫无征兆输掉所有不在德国进行的比赛，尤其是在第七轮莫名其妙被费耶诺德0-3血洗令球队提前一轮锁定附加赛席位，最终5胜3负积15分，附加赛幸运抽到凯尔特人，拜仁在客场虽1-0拿下比赛，但在主场被凯尔特人扳平后全场压制，直至最后由阿方索·戴维斯读秒绝杀才死里逃生。淘汰赛首轮抽中药厂，拜仁终于摆脱瑞士轮期间颓势，两回合5-0血洗勒沃库森，八强赛遇国际米兰，首回合被国米早早取得领先，但在最后由托马斯·穆勒打入准绝平球后三分钟被弗拉泰西再次绝杀，最终主场1-2落败交出晋级主动，次回合移师圣西罗，哈里凯恩虽在第52分钟将大比分扳平，但随后拜仁迅速丢掉两球，戴尔在76分钟的进球于事无补，最终拜仁3-4告负止步八强，提前无缘主场举办的欧冠决赛。

在2025年的休赛期中，拜仁慕尼黑参加了改制后的首届俱乐部世界杯，小组赛率先取得两连胜（尤其是在当届比赛欧洲球队遇南美球队全败的情况下推翻了博卡青年）第一个从世俱杯小组赛出线，但出线后却不可理喻的队史首次输给本菲卡掉到小组第二，最后在八强赛中尽管多打两人，还是0-2不敌当季欧冠冠军巴黎圣日尔曼，且球队大核穆西亚拉也在本场比赛中在和巴黎门将多纳鲁马的拼抢中重伤。

不过，在随后的季前友谊赛与2025至2026赛季中，拜仁慕尼黑展现出了强大的竞技状态。不仅在开赛后狂揽德甲16连胜（截至2026年1月24日），还在2025年至2026年欧洲冠军联赛的联赛阶段中接连战胜世俱杯卫冕冠亚军——切尔西与巴黎圣日尔曼，最终8战7胜仅输给阿森纳，排名瑞士轮第二名直接出线，还取得了全程先客后主的比赛优势。国内联赛方面，拜仁慕尼黑也以不败战绩领跑德甲，其中不乏有8比1狂胜沃尔夫斯堡、2比1力克多特蒙德、主客场6-0和5-1双大破莱比锡等精彩比赛。随着赛程不断增多，拜仁多线作战的压力不断增大，最终不堪重负，在德甲第19轮比赛中主场1比2爆冷输给保级区的奥格斯堡，不败纪录止步18轮。